Lorsque décède le pape Clément VI, le conclave réuni désigne "Jean Birel" évêque et cardinal d'Ostie et de Velletri pour lui succéder mais celui-ci se dérobant, on choisit alors l'évêque de Clermont d'Auvergne, Etienne Aubert, le 18 décembre 1352.

     C'est un grand réformateur mais souvent brutal : il rappelle les ordres religieux à l'observation de leurs règles, brise les résistances en recourant à la force, emprisonne et brûle pour venir à bout des fidèles observants des préceptes du Poverello d'Assise et des béguins qui vénèrent la mémoire de leur inspirateur, Pierre Olivi.

    On raconte même que les bûchers sont si nombreux en Languedoc, Provence et Italie que sainte Brigitte de Suède blâme sévèrement Innocent VI.

 La papauté avait été humiliée par les agissements de Boniface VIII considéré alors comme "voleur", "hérétique", devant être "jugé et condamné" selon Guillaume de Nogaret, chancelier du roi Philippe Le Bel et ennemi du pape.

     Aussi Clément V, le successeur de Boniface VIII, vient-il à Avignon, alors territoire pontifical, pour y préparer le Concile de Vienne. ( C'est lors de ce concile que Clément V décide sous la pression du roi de France Philippe Le Bel la dissolution de l'Ordre des Templiers.) Ce séjour ne devait être que temporaire.

     Pourtant son successeur sur le trône pontifical, Jean XXII, est à l'origine de l'installation des papes à Avignon. En raison de l'agitation qui règne alors à Rome et en Italie, il décide de rester à Avignon. Ainsi sept papes, tous français : Clément V (1305-1314) ; Jean XXII (1316-1334) ; Benoît XII (1334-1342) ; Clément VI (1342-1352) ; Innocent VI (1352-1362) ; Urbain V (1362-1370) et Grégoire XI (1370-1378) vont se succéder de 1309 à 1377 et le roi de France veillant soigneusement au choix des élus, on peut souligner leur entière dépendance vis à vis du pouvoir royal.

     Cette prépondérance française cause dans l'Eglise un profond malaise encore aggravé par la coupure de l'Europe entre partisans de la France et de l'Angleterre durant la guerre de Cent Ans (1337-1453). L'éloignement de la papauté suscite un vif ressentiment dans la population romaine tandis que l'anarchie règne dans les Etats pontificaux. Le prestige des papes s'en trouve amoindri. De fait la succession après le décès du pape Grégoire XI va-t-elle provoquer ce que l'on a appelé : "le Grand Schisme d'Occident" c'est à dire que de 1378 à 1417 deux papes seront élus, un à Rome et un à Avignon. Et en effet, Urbain VI est élu.

     C'est enfin un pape italien vivant à Rome mais très vite, son despotisme, son hostilité envers les Français le rende impopulaire en France. Habilement orchestré par le roi de France Charles V, "Robert de Genève" est élu pape et prend le nom de Clément VII ; Urbain VI refusant d'abdiquer, deux papes sont en présence et Clément VII prend alors le chemin d'Avignon. Pendant 39 ans le Grand Schisme va séparer l'Eglise.

     Cette période aussi appelé "exil babylonien" coupe radicalement le monde chrétien en deux. Exemple : sainte Catherine de Sienne est pour Rome, saint Vincent Ferrier pour Avignon, mais plus grave encore, ces divisions religieuses rejoignent les divisions politiques : le pape de Rome est soutenu par l'Angleterre et l'Empire, celui d'Avignon par la France.

      L'ensemble du palais est antérieur au Grand Schisme d'Occident. C'est un beau spécimen de l'architecture gothique du XIV° siècle. Si Clément V et Jean XXII s'étaient contentés du palais épiscopal, Benoît XII, ancien moine cistercien, édifie autour du cloître le Palais-Vieux. Clément VI, grand seigneur, artiste et prodigue, construit ensuite les deux ailes encadrant la Cour d'Honneur formant ainsi le Palais-Neuf. Innocent VI achève la partie Ouest tandis que le suivant, Urbain V, aménage le jardin.

     Etienne Aubert possédait bien avant son élection à la papauté à Villeneuve lès Avignon, un hôtel particulier ainsi que des terres. Il en fait don à l'Ordre des Chartreux et par une bulle en date du 2 juin 1356 crée une Chartreuse sous le patronage de Saint-Jean-Baptiste.

     De nombreux travaux sont entrepris pour que les religieux puissent s'y installer. Composée d'une église et de trois cloîtres entourés par de nombreuses cellules, la Chartreuse du Val de Bénédiction en fait la plus grande Chartreuse de France. Elle est consacrée en 1358 par le cardinal d'Auvergne " Guy de Bologne." Lorsque Innocent VI meurt le 12 septembre 1362, il demande à être inhumé dans l'une des chapelles de l'église, tout près de la célèbre Pietà que conserve aujourd'hui le Louvre. ( très beau gisant)

     Détérioré durant la Révolution française, l'écrivain, Prosper Mérimée, alors inspecteur des monuments historiques, entreprend en 1835 de sauvegarder le monastère. Restaurée en grande partie, à ce jour la Chartreuse est devenue un haut lieu culturel.